工程完工后验收不合格，谁来整改、费用谁承担？要看不合格的原因。因施工方原因造成的，施工方负责修复并承担费用，直到验收合格为止。因设计问题造成的，设计单位负责修改设计，费用由建设单位承担。因发包人提供材料不合格造成的，发包人承担相应的整改费用。施工方对不合格工程有保修义务，保修期从竣工验收合格之日起计算。如果施工方拒绝修复，发包人可以自行修复，费用由施工方承担。验收不合格期间，工程不能投入使用，产生的损失由责任方承担。建议施工过程中加强质量控制，发现问题及时整改，避免竣工验收时大量返工。