工程通过了竣工验收，发包人出具了验收合格文件。几个月后发包人以部分墙面空鼓，屋面渗水为由，拒绝支付剩余工程款。承包人认为验收都过了，不该再扣钱。
《民法典》规定，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书，国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款。建设工程实行质量保修制度。
竣工验收合格通常意味着工程整体质量符合要求，发包人一般不宜以此为由拒绝支付工程价款。对于交付后出现的质量瑕疵，一般属于保修范围，承包人负有保修义务，发包人可以在保修期内要求修复，但通常不当然构成拒付工程款的抗辩。若存在地基基础和主体结构质量问题，处理方式会有所不同。
建议发包人发现质量问题时及时书面通知并固定证据，属于保修范围的应当先要求修复；承包人则应积极履行保修义务，同时书面催告付款，避免两个问题纠缠不清。
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